1. 发包人能否自行保修，并扣除保修费用后再返还剩余保修金
发包人可以自行保修，并扣除保修费用后再返还剩余保修金，但应遵循双方的合同约定及法律规定。
根据《房屋建筑工程质量保修办法》第九条规定，房屋建筑工程在保修期限内出现质量缺陷，建设单位或者房屋建筑所有人应当向施工单位发出保修通知。施工单位接到保修通知后，应当到现场核查情况，在保修书约定的时间内予以保修。该《办法》第十二条规定，施工单位不按工程质量保修书约定保修的，建设单位可以另行委托其他单位保修，由原施工单位承担相应责任。
涉及到承包人不履行保修义务的情况下，发包人另行委托第三人保修，保修费用从承包人预留的保修金中直接扣除时应遵循一定的法律程序，首先在工程出现保修范围内的质量问题需要保修时，发包人应向承包人履行通知义务，便于承包人及时到现场进行核查，确定保修时间或方案。发包人在未履行通知义务的情况下，擅自委托第三人对工程进行保修，容易出现发包人与第三人恶意串通损害承包人利益的情形。
审判实践中，发包人是否进行了有效通知是双方存在争议的焦点之一。因为合法有效的通知可以解决：确定工程质量问题的原因（是否属于承包人责任问题）；工程维修所花费用问题；工程所花维修费用承担问题。
所以，发包人在履行有效通知的情况下。由于承包人不履行保修义务或履行保修义务不符合规定，发包人委托第三人进行保修后，承包人抗辩保修项目是否属于保修范围及保修费用是否合理，应由承包人进行举证。如果承包人无法证明保修项目不在或者超出保修范围，或者保修费用过高等，应由承包人承担不利的法律后果，发包人自行或委托第三人进行保修的费用可以直接从承包人预留的保修金中予以扣除。如果发包人支付的保修费用超过承包人预留的保修金数额的，发包人可以另行起诉要求承包人承担超过保修金数额的保修费用。
2. 在工程保修期内，承包人不履行保修义务，应承担何种责任
观点：工程保修是承包人的重要的合同义务之一。承包人的保修义务不仅是合同义务，在一定程度上也是法律规定的强制义务。工程在保修期内出现质量问题，承包人应按照约定的时间及时进行修复，并根据是否对质量问题存在责任，确定是否承担相应的费用。如果承包人不履行保修义务，发包人可以自行修复，并有权要求承包人承担相应的费用。因承包人不履行保修义务造成其他损失的，还可以要求承包人予以赔偿。