1. 發包人能否自行保修，並扣除保修費用後再返還剩餘保修金
發包人可以自行保修，並扣除保修費用後再返還剩餘保修金，但應遵循雙方的合同約定及法律規定。
根據《房屋建築工程質量保修辦法》第九條規定，房屋建築工程在保修期限內出現質量缺陷，建設單位或者房屋建築所有人應當向施工單位發出保修通知。施工單位接到保修通知後，應當到現場核查情況，在保修書約定的時間內予以保修。該《辦法》第十二條規定，施工單位不按工程質量保修書約定保修的，建設單位可以另行委託其他單位保修，由原施工單位承擔相應責任。
涉及到承包人不履行保修義務的情況下，發包人另行委託第三人保修，保修費用從承包人預留的保修金中直接扣除時應遵循一定的法律程序，首先在工程出現保修范圍內的質量問題需要保修時，發包人應向承包人履行通知義務，便於承包人及時到現場進行核查，確定保修時間或方案。發包人在未履行通知義務的情況下，擅自委託第三人對工程進行保修，容易出現發包人與第三人惡意串通損害承包人利益的情形。
審判實踐中，發包人是否進行了有效通知是雙方存在爭議的焦點之一。因為合法有效的通知可以解決：確定工程質量問題的原因（是否屬於承包人責任問題）；工程維修所花費用問題；工程所花維修費用承擔問題。
所以，發包人在履行有效通知的情況下。由於承包人不履行保修義務或履行保修義務不符合規定，發包人委託第三人進行保修後，承包人抗辯保修項目是否屬於保修范圍及保修費用是否合理，應由承包人進行舉證。如果承包人無法證明保修項目不在或者超出保修范圍，或者保修費用過高等，應由承包人承擔不利的法律後果，發包人自行或委託第三人進行保修的費用可以直接從承包人預留的保修金中予以扣除。如果發包人支付的保修費用超過承包人預留的保修金數額的，發包人可以另行起訴要求承包人承擔超過保修金數額的保修費用。
2. 在工程保修期內，承包人不履行保修義務，應承擔何種責任
觀點：工程保修是承包人的重要的合同義務之一。承包人的保修義務不僅是合同義務，在一定程度上也是法律規定的強制義務。工程在保修期內出現質量問題，承包人應按照約定的時間及時進行修復，並根據是否對質量問題存在責任，確定是否承擔相應的費用。如果承包人不履行保修義務，發包人可以自行修復，並有權要求承包人承擔相應的費用。因承包人不履行保修義務造成其他損失的，還可以要求承包人予以賠償。