A. 工程合同結算時對 甲供材料的費用 是扣施工單位的錢還是不扣除
甲供材料費的扣減主要看合同中相關規定，這是前提。
既然是扣除甲供材料費用，說明你與甲方的合同中包含了甲供材料的費用（數量*單價）。
一般情況下，對於施工單位有利的是，工程結算總數中包括甲供材料總費用，然後按照規定計取各類費用（主要是間接費），預算總數出來後再減去甲供材料量*單價。這樣演算法肯定是對施工方有利。
還有就是，有的合同規定了，甲供材料施工方只計取稅金，你就不能按照上述方法計算。總之，這方面的合同約定很多。所以合同規定是前提。具體問題具體對待。
B. 甲方提出，工程結算時，要扣除甲供材料費、水費、電費，請問是否合理，為什麼（4分）
這要看你的合同是如何簽訂，正常情況下有兩種情況，一是包工包料，既工程所有的費用一次包給乙方，材料費含在工程費中，材料有乙方負責購置。二是包工不包料，既只有工程施工費用，材料由甲方購置。這二種情況甲方均不應扣除材料費，如果甲方扣除乙方的材料費用，有可能是你們簽訂的是包工包料，但實際上材料是由甲方提供，這種情況下甲方應從工程費中扣除材料費用。
對於水費、電費這也要看你合同是如何簽訂的，如果工程項目較小，水費、電費不多甲方可能不要乙方負擔，但水費、電費圈套時，甲方有可能扣除，具體應看合同中是否約定明確，如沒有約定，甲方扣除水費、電費是合理的，但扣除材料費有可能是第三種情況，既你們簽訂的是包工包料，但實際上材料是由甲方提供。