A. 工程合同结算时对 甲供材料的费用 是扣施工单位的钱还是不扣除
甲供材料费的扣减主要看合同中相关规定，这是前提。
既然是扣除甲供材料费用，说明你与甲方的合同中包含了甲供材料的费用（数量*单价）。
一般情况下，对于施工单位有利的是，工程结算总数中包括甲供材料总费用，然后按照规定计取各类费用（主要是间接费），预算总数出来后再减去甲供材料量*单价。这样算法肯定是对施工方有利。
还有就是，有的合同规定了，甲供材料施工方只计取税金，你就不能按照上述方法计算。总之，这方面的合同约定很多。所以合同规定是前提。具体问题具体对待。
B. 甲方提出，工程结算时，要扣除甲供材料费、水费、电费，请问是否合理，为什么（4分）
这要看你的合同是如何签订，正常情况下有两种情况，一是包工包料，既工程所有的费用一次包给乙方，材料费含在工程费中，材料有乙方负责购置。二是包工不包料，既只有工程施工费用，材料由甲方购置。这二种情况甲方均不应扣除材料费，如果甲方扣除乙方的材料费用，有可能是你们签订的是包工包料，但实际上材料是由甲方提供，这种情况下甲方应从工程费中扣除材料费用。
对于水费、电费这也要看你合同是如何签订的，如果工程项目较小，水费、电费不多甲方可能不要乙方负担，但水费、电费圈套时，甲方有可能扣除，具体应看合同中是否约定明确，如没有约定，甲方扣除水费、电费是合理的，但扣除材料费有可能是第三种情况，既你们签订的是包工包料，但实际上材料是由甲方提供。